Trải bao thăng trầm của lịch sử, năm Canh Ngọ (1870), một ngôi chùa Từ Ân mới đã được dựng lên ở Phú Lâm (thuộc quận 6, Thành phố Hồ Chí Minh ngày nay) để tiếp nối dòng đạo, đồng thời gìn giữ những hiện vật còn sót lại của ngôi chùa cũ. Hiện còn khá nhiều bức hoành và câu đối từ các nơi đem đến hiến cúng nhân ngày lạc thành chùa đã minh chứng cho điều ấy. Lúc bấy giờ, là thời của Hòa thượng Như Bằng-Thanh Ấn làm trụ trì.

Mặc dù chùa Từ Ân mới có kiến trúc khá khiêm tốn so với trước đây, nhưng bên trong hiện vẫn còn lưu giữ được khá nhiều hiện vật quý, đó là:

-Hai bức hoành phi chạm gỗ, sơn son thiếp vàng: một đề là "Sắc Tứ Từ Ân Tự" và hai đề là "Quốc Ân Khải Tường Tự" (được đem về đây sau khi cả hai ngôi chùa đều bị nạn đao binh dưới thời Pháp thuộc).-Các bài vị chạm khắc gỗ của các vị Tổ sư, trong số ấy, có cả những bài vị dành cho các vị Tổ khai sáng dòng đạo Bổn Nguyên từ Trung Quốc truyền sang. Đặc biệt, ở đây còn có bài vị của Hoàng cô bên bài vị của Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt.-Hàng trăm quyển kinh, luật, luận bằng chữ Hán và chữ Nôm của các thế kỷ trước. Trong số kho tàng đó, qúi giá nhất là bộ sách Ngũ gia tông phái ký toàn tập do Tăng cang chùa Thiên Mụ là Tiên Giác-Hải Tịnh chứng minh vào năm 1875. Đây là bộ sách (gồm 3 quyển) đầu tiên đề cập đến Phật giáo ở Gia Định và Nam Bộ[13].

Ngoài ra, ở đây còn có khá nhiều bức hoành phi và câu đối của các chùa từ nhiều nơi dâng tặng nhân ngày lạc thành chùa (1870), v.v...